今天，鹿目圆和好友美树沙耶香一起来看望上条恭介。上条恭介是个优秀的小提琴学者，在很多比赛上拿过大奖。由于技艺出众，得到了很多媒体和专家的褒奖。
可是，天有不测风云。在一次意外中，上条恭介的右手落下残疾，至今仍在医院治疗。很多人都悲观的认为，这位优秀的种子选手可能这辈子都与小提琴无缘了。
美树沙耶香是上条恭介的青梅竹马，两人关系不错。她经常去看望上条恭介，给上条恭介带去祝福和温暖，鼓励上条恭介不要放弃信心和希望。
不巧的是，上条恭介今天没有在病房休息，好像在做康复训练。所以沙耶香没能见到他，也没有提前接到上条恭介的消息。
这两个女孩是初中生，都在一个班学习，她们的生活非常平凡。在偌大的见泷原市里，这样平凡而又普通的身影太多，多的让人提不起精神去注意她们。
然而在某一天，她们普通的生活被打破了。一只白色的可爱的不明物种闯进了她们的生活，这只可爱的小家伙满身血迹，伤痕累累，正在被人追杀。鹿目圆和美树沙耶香就下了这只动物，认识了高年级的学姐巴麻美。
这只名为“丘比”的动物说，只要能和它签订契约，成为和巴麻美一样的魔法少女，它就可以实现任何一个愿望。
少女们有些犹豫，到了今天仍然没有拿出自己想要的愿望。
目前，巴麻美让她们和自己一起退治魔女，体验一下魔法少女的战斗和生活。
走出医院的少女们发现在一面墙壁上有一只即将孵化的“悲叹之种”。
少女们感到害怕，巴麻美并不在这里。如果她们不及时离开的话，很可能就会被魔女结界吞噬。不是魔法少女的她们所面临的下场只有死路一条。
想起上条恭介也住在这个医院，美树沙耶香没法坐视不理。在丘比的建议下，她决定带着丘比进入结界，让小圆去找学姐支援。因为学姐是魔法少女，她能感应到丘比发出的位置信号。
虽然沙耶香的胆子很大，但第一次独自一人进入危险的魔女结界，她还是有些忐忑不安。丘比关心的问：“害怕吗，沙耶香？”
“这个……”沙耶香的声音都在颤抖，“是当然的吧。”
“只要你决定要愿望，现在在这里我也可以让你变成魔法少女哦。”丘比说。
沙耶香没有回答，她观察着魔女结界，发现这里主要是由食物——准确的说是零食构成的。无论是饼干、曲奇还是马卡龙，亦或者是蛋糕，这里都有它们的身影。让沙耶香感到不安的是，这里还有很奇怪很恐怖的剪刀、针管、输液器等等和零食八竿子打不着的东西。有些血袋中甚至还有鲜血，沙耶香甚至能闻到难闻的血腥味儿。
她抱着丘比，一路畅通无阻的走到一间写着“手术中”的房间前。房间被一个铁栏门阻挡着，里面就是散发白光即将孵化的“悲叹之种”。
这时，巴麻美和小圆来到了结界入口。魔法少女好像天生就有进入魔女结界的能力，她先联系上了在里面守候的沙耶香和丘比。确认安全后，巴麻美打开结界入口，和小圆一起进入结界。
轻车熟路的巴麻美牵着小圆的手往前走，她说：“虽然我很想责备你们太乱来了，但这次你们做的很不错，这样就不担心魔女逃走……嗯？”
小圆顺着巴麻美的目光看去，发现了自己的同学——晓美焰。
晓美焰是一个谜一样的人物，她在不合时宜的时候转进鹿目圆的班级。她成绩优秀，充满魅力，在班级人气很高。同时，她也是追杀丘比的人。没人知道她的动机是什么，总而言之，鹿目圆很想和她好好相处，但她貌似并不领情。
因为追杀丘比的事情，巴麻美和这位黑长直少女的关系并不融洽。看到晓美焰，巴麻美面露愠色：“我应该说过，我并不想见到你，对吗？”
晓美焰没有理会这个话题：“这次猎物是我的，你们收手吧。”
“这可不行，我要去接美树和丘比。”
“我会保护她们的安全。”
巴麻美当然不会相信晓美焰，她突然施展魔法，用锁链把猝不及防的晓美焰绑了起来。
没有理会晓美焰的警告，巴麻美带着不放心的小圆继续前进。
半路上，小圆想了很多，她突然向学姐诉说自己的心情，并且表示自己没什么长处，也不能帮助别人，所以她很对魔法少女的生活很憧憬，哪怕她知道没有恋爱和玩耍的时间，如果能像学姐一样帮助别人，和学姐一起战斗，她就很幸福了。
没想到巴麻美的反应却有些激动和高兴，她几乎都哭了出来。在没遇到小圆之前，她一直是独自一人在战斗，因为她许愿的原因，她也不敢交朋友，她的父母也都死于非命。
这就导致了她一直是一个人……一个人……一个人。
听了小圆的话，巴麻美受到了很大的触动。然而，她仍然告诉小圆，要想好自己的愿望再做决定。
距离沙耶香她们越来越近，魔女诞生的时间越来越短。为了保护魔女，使魔前仆后继的涌向巴麻美，但是这明显徒劳无功。巴麻美召出大量的魔法燧发枪，虽然这种武器只能单发，可威力巨大且数量众多。面对强大的火力，使魔就像是烧荒中的野草，不断消失在烈焰之中。
终于和沙耶香汇合，这时魔女也开始诞生。
……
“伊芙，是这里吗