然而，过去层的数码兽在灭世病毒的侵袭下却没有完全灭绝，其中极少的一部分获得了名为x抗体的力量，并进入了现在层，于是发生了剧场版《第十三名皇家骑士》的故事，世界树遭遇了奥米加兽x的“完全删除”而格式化，直到第五部才重新出现，同时，被灭世病毒清洗了一遍的过去层也重新诞生了数码兽，但是由于经历了一**毁灭，过去层的平均力量很低，究极体加起来也没有几只，但却能够找到各种超规格的遗迹（比如游戏中法易路岛的恐龙古代境，第一部出现的安杜路兽的工厂）。
但是问题也出现了，过去层所在的超级计算机原本的意志离开了，却又诞生了新的意志——名为恒常性的新神。